科技成果名称:北京黑猪高产性状提升及示范推广
关键词:北京黑猪;SNP芯片;有效群体大小;亲子鉴定;群体遗传结构;遗传改良
科技成果类型:原始创新
科技成果所处阶段:其他
科技成果应用领域:农、林、牧、渔业
科技成果简介:科技成果来源:
本科技成果属于北京市科技计划课题,课题委托单位为北京市科学技术委员会,课题所属项目名称为科技支撑乡村振兴,课题所属技术领域为现代农业。
技术原理:
北京黑猪分子育种SNP芯片位点主要来源于北京黑猪群体中多态性良好和检出率高的位点、已有文献和公开数据库报道的与现有重要经济性状(特别是肉质性状)显著相关的位点以及北京黑猪重测序数据SNP变异检测位点。芯片具有以下优点:①包含大量与猪肉质、生长、繁殖及健康性状相关的显著位点,实用性良好;②位点多态性好,分布均匀,保证了育种值估计准确性;③芯片针对北京黑猪品种设计,选取了其与商业猪种存在较大差异的位点,可以特异性鉴定北京黑猪与其他猪种。
“猪低密度SNP亲子鉴定检测试剂盒”是一款专门针对猪亲子鉴定的试剂盒,采用SNP检测法-MassArray法进行检测,该技术完美整合了PCR技术的高灵敏度、芯片技术的高通量和质谱技术的高精确度,是目前唯一应用质谱直接检测SNP的技术平台,检测速度快,且没有单次检测的最低样本数要求,年检测通量可达 10万-100万个样本。
有效群体大小估计软件包含杂合剩余和连锁不平衡两种算法,针对有效群体大小的估计,减少文件转化步骤,使用更加方便简洁。本软件为用户提供更加灵活的计算方案,可根据需求进行分群体计算,全位点计算或降低标记密度计算,并选择是否输出相应的染色体细节。相较于其他软件,本软件输出结果更加丰富,包含数值和图像,为评估地方种群濒危等级及濒危种群保护等提供了软件基础。
关键性技术指标:
北京黑猪分子育种SNP芯片:共计49963个SNP标记,多态性良好,最小等位基因频率平均为0.276;位点分布均匀,相邻SNP距离的标准差为9.4kb,可实现对北京黑猪基因组选择、遗传背景、聚类分析、亲缘关系鉴定、有害基因等分析。
猪SNP亲子鉴定检测试剂盒:共计500个SNP标记,检测成功率达95%以上,与一代测序、重测序结果一致性达98%以上,亲缘关系鉴定准确性达99.9%以上。
有效群体大小估计软件:能够使用杂合剩余方法和连锁不平衡方法,按照用户设定的抽样方式,计算有效群体大小,且能够计算特定百分比下置信区间的上下界;连锁不平衡方法可输出每条染色体r2的平均值及标准差;杂合剩余方法可输出每条染色体实际杂合频率的平均值和标准差、期望和实际杂合子频率频数分布直方图,以及r2随标记距离增大的变化趋势图。
应用前景:
北京黑猪分子育种SNP芯片,符合北京黑猪群体特征,可实现对核心群体进行基因组选择、遗传背景、聚类分析、亲缘关系鉴定、有害基因等分析;可以对现有北京黑猪群体进行群体结构优化,系谱资料完善,并将其中不符合育种要求、来源不明或系谱错误的个体进行淘汰,有良好的应用前景。
“猪低密度SNP亲子鉴定检测试剂盒”作为针对猪亲子鉴定的试剂盒,有效结合了非洲猪瘟疫情当下的种猪繁育和企业系谱梳理的需求,检测准确性99.9%以上,能够帮助猪育种企业亲缘关系鉴定,避免近交,提高生产效能,具有针对性强、准确性高,检测速度快和性价比高等特点,有良好的应用前景。
有效群体大小估计软件相较于其他软件,使用方便简洁,计算方案灵活,输出结果丰富。本软件可为评估种质资源现状、制定保种方案提供参考,为小群体畜种的育种工作提供更科学的指导,可推广应用至我国地方种群濒危等级鉴定与保护等应用领域。
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