全球危险病毒数据库“升级版”上线
发布时间：2024-09-11
信息来源：中国科学报
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发布时间：2024-09-11
信息来源：中国科学报
一个供研究人员共享危险病毒基因组的新数据库，有望解决许多现实难题，但前提是必须说服研究人员使用它。据《自然》报道，这个名为Pathoplexus的数据库于上月启动，维护数据库的科学家团队希望有更多研究人员分享已知和新出现的对公共卫生具有重要意义的基因序列。
Pathoplexus数据库目前聚焦其他数据库未包含的4种病毒：克里米亚-刚果出血热病毒、苏丹埃博拉病毒、扎伊尔埃博拉病毒和西尼罗河病毒。该团队表示，稍后还会在数据库中添加其他病原体。
现有最大的数据库之一是美国的GenBank，它允许无限制访问。但这意味着理论上任何人都可以使用这些数据发表科学论文，而无须承认数据所有者。这阻碍了科学家，特别是低收入国家的科学家在突发公共卫生事件期间快速分享他们的数据。
另一个大的数据库GISAID要求用户注册，认可数据所有者并尽力与其合作，旨在确保数据提交者的权利。GISAID一度非常受欢迎，但研究人员对其管理透明度、如何处理关于诚信的争议等提出了担忧。
“过去几年里，GISAID遭遇了很多挫折。”日本东京大学进化病毒学家Spyros Lytras说，但科学界也吸取了教训，“从零开始是我们所需要的，Pathoplexus数据库可能是解决方案”。
Pathoplexus数据库为用户提供了一些保护。研究人员可以对他人如何使用其数据进行限制，例如，不允许在未经明确许可的情况下，在一年内将他们的数据作为科学出版物的重点。这为数据所有者留足了时间以提交他们的研究成果初稿。
用户还必须在他们的出版物中注明数据所有者。“我们的目标是让研究人员确信他们的贡献将得到尊重和认可。”Pathoplexus数据库团队成员、全球基因组流行病学公共卫生联盟运营负责人Jamie Southgate说。
Pathoplexus数据库不会阻止违反使用条款的个人访问，而GISAID在极少数情况下会这样做。如果个人发布的数据违反了相应条款，该团队将联系期刊，确保数据按照共享方式使用。Pathoplexus数据库的联合创始人、瑞士热带和公共卫生研究所分子流行病学家Emma Hodcroft说：“我们尽力让条款十分明确。”
孟加拉儿童健康研究基金会分子微生物学家Senjuti Saha认为，Pathoplexus数据库的透明度将在科学界中建立信任，但现在判断Pathoplexus数据库能否解决当前的数据共享问题还为时过早。“不过，这是非常棒的第一步。”
Pathoplexus数据库的创建者尽力改进用户体验，例如尽可能简化数据上传程序。Pathoplexus数据库还会检查序列数据和相关信息的错误。（记者 文乐乐）
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